高校生探偵・工藤新一は、
警察もお手上げの難事件を
次々と解決するほどの頭脳の持ち主。
ある日、幼なじみの毛利蘭と
遊園地に遊びに行った時、
黒ずくめの男達による
怪しげな取引を目撃した新一は、
口封じの為に組織に
謎の毒薬を飲まされてしまう。

薬の作用で新一は、
なんと子どもの姿になってしまった!

困り果てた新一は、
隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、
黒ずくめの男達の行方を追うために、
自らの正体を隠し「江戸川コナン」と名乗り、
探偵事務所を営む
毛利蘭の家に潜り込むことにした。

はたして、新一の体は元に戻るのか?!

黒ずくめの男達の正体は!!
数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、
小さな名探偵、
江戸川コナンの活躍が始まった!!