どんな苦境にも飛び込んでいく、頼れるチーフドクターだ。

立てこもり事件、トンネル崩落、爆破テロなど立ちはだかる大きな壁に果敢に挑む姿は、
「新たな形の救命医療ドラマ」として多くの感動を生み、日本中を熱狂の渦に巻き込んだ。

2023年４月に公開された劇場版一作目では、横浜のシンボル・ランドマークタワーを舞台として、
爆発事故により193名が閉じ込められるという大災害に立ち向かう姿が描かれた。
映画ならではの壮大なスケール感と、仲間同士の熱い絆に、多くの観客が胸を熱くし、
興行収入は45.3億円という大ヒットを記録。続編を求める声が多くあがっていた。

そして2025年、ついにMERの再始動が決定。

『劇場版TOKYO MER～走る緊急救命室～南海ミッション』としてスクリーンに帰ってくる。
すべての命を救う――その困難な使命に直面しながらも、
固い絆で繋がるMERメンバーたちの感動の物語であり、
前作以上に壮大なスペクタクル作品が完成した。

これまで数多の命を救ってきた彼らの次なる舞台は、大海原だ。
鹿児島と沖縄にまたがる海に浮かぶ島々を巡る『南海MER』が誕生。
彼らはオペ室を搭載した特殊車両＝NK1を乗せたフェリーで海を渡り、
医療が行き届かない離島医療に従事していた。

そんなある日、とある火山島で大規模な噴火が発生！
迫りくる溶岩と噴石に、全島民79名が命の危機に陥る。
噴煙によってヘリでの脱出は不可能、
島民のなかには子どもや高齢者も多く、
移動さえ容易ではない…

喜多見は、そして新しいMERメンバーたちは、
すべての命を救うことが出来るのか？
史上最大のミッションが幕を開ける。

あの
医療従事者(ヒーロー)たちの
熱き戦いが、
ふたたび始まる――

オペ室を搭載した中型車両＝NK1を乗せたフェリーで、
離島での事故や災害に対応する“南海MER”の試験運用が開始されていた。

注目を集めた南海MERだったが、
運用が始まってから半年間が経過しても、緊急出動の要請はゼロ…
まったく実績を作ることが出来ず、廃止が決定的な状況となっていた。

そんな中、鹿児島県・諏訪之瀬島で突如として火山が噴火！
大規模医療事案として南海MERの初出動が決まる。

溶岩が村を焼き尽くし、多くの噴石が飛び交うすさまじい状況。
噴煙のため、ヘリコプターによる上空からの救助は不可能。
そして海上自衛隊や海上保安庁の到着も数十分後という絶望的な状況…
しかし南海ＭＥＲは、島に取り残された79名すべての命を救うために、
絶体絶命のミッションに挑む。