夜光クラゲが灯した暗号

五億年前からクラゲは「知識」を蓄えてきた――。クラゲの「知性」に着目した研究者だった父親が海で亡くなって以来、灯理は父が遺した謎を解き明かすべく離島の高校の科学部で研究を進める。一方、過去の事件から東京から離島の高校へと進学してきた栗生春斗。 人間関係に臆病になってしまった彼は「目立たず、静かに、穏やかに」をモットーに、孤独な“陰キャぼっち”として高校生活を送っていた。
そんなある日の放課後。
栗生はクラスの人気者で“陽キャギャル”の若草灯理から突然腕を掴まれる。連行された先は、普段は誰も寄り付かない科学部の部室。灯理の目的は、壊れかけていた夜光クラゲの水槽を直してもらうことだった。機械いじりが得意な栗生があっさりと修理を終えると、灯理から、強引に科学部へと勧誘される。
灯理はクラゲの研究者だった亡き父が遺した言葉を証明するため、この島の近海にしか生息しない夜光クラゲの謎を解き明かし、全国の高校生が競う「科学技術コンテスト」で最優秀賞を獲るべく、奮闘していた。最初は頑なに拒んでいた栗生だったが、ひたむきにクラゲと向き合う灯理の情熱や、頼れる部長・塚原、努力家の後輩・一華、そしてやる気はないが元・超一流研究者の顧問・積木先生といった個性豊かな仲間たちと触れ合い、裏方として研究を手伝うことを決意する。
仲間と過ごす騒がしくも温かい日々の中で、栗生はかつて封印していた「モノづくりや研究の楽しさ」を少しずつ思い出していく。しかし、順調に見えた研究の裏で、栗生はトラウマから抜け出せず、再び仲間と衝突してしまう。そんな中、いつも明るい笑顔を見せる灯理もまた、誰にも言えない家族の秘密を抱えていた――。
互いにぶつかり合いながらも絆を深め、共に前に進もうとする彼らだったが、大会を目前に思いがけない事件が立ちはだかり……!?
科学部が導き出した、青く光る美しい「夜光クラゲ」の驚くべき秘密とは。はたしてクラゲに知性はあるのか？　美しい発光が伝えるメッセージとは？　正反対のふたりが科学部を舞台に巻き起こす、挫折と再生の物語。謎多き深海生物が遺したメッセージが親子をつなげる奇跡の科学ファンタジー！

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