Ｐｙｔｈｏｎではじめるバイオインフォマティクス　可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

本書はＰｙｔｈｏｎを使ったバイオインフォマティクス研究のプログラミングスキルを学ぶことができる解説書です。Ｐｙｔｈｏｎが再現性のある科学的なプログラムを書くのに適していることに焦点を当て、バイオインフォマティクス分野におけるプログラムの文書化やテスト、再現可能なソフトウェアの開発方法を解説します。２部構成に分かれ第１部ではバイオインフォマティクスとプログラミングを学習するためのプラットフォーム「Ｒｏｓａｌｉｎｄ」を使って１４の課題に取り組みながら実践的に学習します。第２部ではそのほかの重要パターンや概念を取り上げ、より複雑なプログラムについて説明します。ソフトウェアの開発、テスト、文書化、リリース、そしてサポートといった重要な方法を学び、Ｐｙｔｈｏｎを使ってバイオインフォマティクス研究を発展させるテクニックを学べる１冊です。

実践課題と共にバイオインフォマティクスのPythonを学ぶ！
Pythonが再現性のある科学的なプログラムを書くのに適していることに焦点を当て、文書化、テスト、再現可能なソフトウェアを作成する方法を示します。大きく2部構成に分かれ、第I部ではバイオインフォマティクスとプログラミングを学習するためのプラットフォーム「Rosalind」で14の課題に取り組みながら実践的に学習します。第ＩＩ部ではそのほかの重要パターンや概念を示す、より複雑なプログラムについて説明します。

目次

第１部　Ｒｏｓａｌｉｎｄ．ｉｎｆｏチャレンジ（テトラヌクレオチド頻度：モノを数える
ＤＮＡからｍＲＮＡへの転写：文字列の改変、ファイルの読みだし、書き込み
ＤＮＡの逆相補鎖配列への変換：文字列の操作
フィボナッチ数列の作成：アルゴリズムのコーディング、テスト、およびベンチマーク
ＧＣ含量の計算：ＦＡＳＴＡ形式ファイルのパースと塩基配列の分析　ほか）
第２部　その他のプログラム（Ｓｅｑｍａｇｉｃｋマジック：レポートの作成と整形
ＦＡＳＴＸ　ｇｒｅｐ：配列を選択するユーティリティプログラムの作成
ＤＮＡシンセサイザー：マルコフ連鎖を用いた合成データの作成
ＦＡＳＴＸサンプラー：配列ファイルからランダムにサンプリング
ＢＬＡＳＴデータの処理：区切りテキストファイルの解析　ほか）

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