Ｐｙｔｈｏｎによるバイオインフォマティクス

データサイエンスという産業および研究領域の浸透と昨今の深層学習の発展を背景に、プログラミング言語Pythonの重要性は非常に高く認知されている。Pythonは化学、生物学の研究で利用され、システム記述言語としても利用されてきた。

これまでにもバイオインフォマティクスのためのプログラミング言語に関する書籍はいくつか出版されているが、バイオインフォマティクスにそれらの言語が有効であるとして、言語の解説に終始するというものが大半であった。その点本書は極力バイオ研究の話題を扱いながら、メモリ管理など、Python利用をつきつめると問題になる項目までをカバーしている。

いずれの専門領域にもあてはまるかもしれないが、バイオインフォマティクスの場合には非常に尖った知識やスキルが必要になる。必ずしも自身がその知識やスキルを有する必要はなく、第三者に委ねられればいいのであるが、その場合でも知識やスキルを評価するスキルは必要になる。本書は、そうした人々も念頭に、研究をサポートする技術者をはじめ、実験主体の研究者やこれからバイオ系の研究を始める若い方々へ向けても有益な情報となりうる。Jupyter notebookやGoogle Colabを用いてスクリプトを対話的に実行することで読者の理解も深まるだろう。

なお、今回の作業では、著者であるSebastian Bassiと頻繁にやりとりし、可能な限り正確な訳出を心がけた。現在では古くなっている情報については、該当箇所を書き換える、あるいは訳注として対応し、単なる原著第2版の邦訳以上のものとなっている。

原著：Python for Bioinformatics Second Edition，Routledge，2017.

目次

第1章　はじめに
1.1　対象とする読者
1.2　本書の利用方法
1.3　なぜプログラムを学ぶのか？
1.4　基本的なプログラミングの概念
1.5　なぜPythonなのか？
1.6　追加資料

第2章　最初の一歩
2.1　Pythonのインストール
2.2　インタラクティブモード
2.3　バッチモード
2.4　エディタを選択する
2.5　その他のツール
2.6　追加資料
2.7　おさらい

第3章　プログラミングの基礎：データ型
3.1　文字列(Strings)
3.2　リスト(List)
3.3　タプル(Tuples)
3.4　シーケンスに共通すること
3.5　辞書(Dictionaries)
3.6　Set（集合）
3.7　オブジェクトの命名
3.8　変数への値の代入とオブジェクトへの名前の束縛(Binding)
3.9　追加資料
3.10　おさらい

第4章　プログラミング：フロー制御
4.1　if-else文
4.2　for文
4.3　while文
4.4　break文：ループ処理から抜け出す
4.5　ここまでのまとめ
4.6　追加資料
4.7　おさらい

第5章　ファイルの取扱い
5.1　ファイルの読み込み
5.2　ファイルへの書き込み
5.3　CSVファイル
5.4　pickle文：変数の中身の保存と取得
5.5　JSONファイル
5.6　ファイルの取扱い：os， os.path， shutil，およびpath.pyモジュール
5.7　追加資料
5.8　おさらい

第6章　コードのモジュール化
6.1　コードのモジュール化序論
6.2　関数(Functions)
6.3　モジュール(Module)とパッケージ(Package)
6.4　追加資料
6.5　おさらい

第7章　エラー処理
7.1　エラーハンドリングの紹介
7.2　カスタマイズされた例外の作成
7.3　追加資料
7.4　おさらい

第

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