Ａｍｂｅｒによる生体高分子シミュレーション入門

世界で最も標準的で広く使われている生体分子シミュレーションソフトウエア「全原子」分子動力学法の「Amber」。実践的シミュレーション技法に焦点を合わせて解説されている。（神戸大学 田中成典 教授による「はじめに」より）

目次

１　分子動力学法の原理と生体高分子用分子動力学シミュレーションパッケージＡｍｂｅｒの概説（分子動力学法とは？
分子動力学シミュレーションはどのような原理に基づいているか―ニュートンの運動方程式
原子どうしに働く力はどう決まっているか―力場　ほか）
２　Ａｍｂｅｒで生体高分子のシミュレーションを行う―Ａｍｂｅｒチュートリアル（まずはＡｍｂｅｒを使ってみる―インスタントプロトコル
核酸のモデリングとシミュレーション―ｎｕｃｇｅｎとｘｌｅａｐを使って
Ａｍｂｅｒで用意されていない分子の残基表現ファイルを作成する―ａｎｔｅｃｈａｍｂｅｒの使い方　ほか）
３　Ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ　Ａｓｋｅｄ　Ｑｕｅｓｔｉｏｎｓ（ＦＡＱ）（力場パラメーターの設定に関して
ＰＤＢファイルの読み込みに関わるトラブルについて
トラジェクトリーファイルの解析について　ほか）

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